משפחתו וחייו האישיים
ערך מורחב – משפחת אלון
בית בוקסבוים בגבול שכונת רחביה ושערי חסד בירושלים, בו התגורר אלון מיום חתונתו עד יום פטירתו
מנחם אלון נישא בשנת 1949 לרות בוקסבוים, מוזיקולוגית, מורה ומנהלת אולפן עברית במקצועה. רות היא בתו של המשפטן ואיש הציבור החרדי ד"ר מרדכי בוקסבוים, ונכדתם של איש ציבור והמלונאי ירחמיאל אמדורסקי וטובה גיטל לבית אפשטיין (מראשי חסידי חב"ד בעיר חברון). אחיה הוא הרב יוסף בוקסבוים (מייסד מכון ירושלים).
ד"ר בוקסבוים בנה ברחוב אבן שפרוט 12, בגבול שכונת רחביה-שערי חסד בירושלים, בית רב-מידות שתוכנן על ידי האדריכל והצייר ליאופולד קרקאור ובו התגורר. מנחם ורות אלון התגוררו בבניין מיום חתונתם ועד פטירתו של אלון, בדירה הסמוכה לרב מטשעבין אותו אירח בוקסבוים בבניין.[60] אלון היה מבאי בית הכנסת ישורון והיכל שלמה, ובאחרית ימיו התפלל בקלויז של חסידי חב"ד בשכונת שערי חסד.
למנחם ורות אלון חמישה ילדים: השר והח"כ לשעבר הרב בני אלון (נשוי לסופרת אמונה אלון), נשיא בית המשפט המחוזי בבאר שבע השופט ספי אלון, הסופר והמחנך ארי אלון, הרב מרדכי אלון (ראש ישיבת הכותל לשעבר) ועורכת הדין טלי (אביטל) אלון-בן אשר (הייתה נשואה למהנדס האווירונאוטיקה פרופ' יוסף בן אשר). בין נכדיו נמנים הרב
צבי אלון (רבה של קיסריה), הפיזיקאי ד"ר יהונתן אלון (מכון ויצמן למדע), הסופר והתסריטאי אורי אלון (יוצר הסדרה שטיסל), המשפטנית פרופ' נועה בן אשר (אוניברסיטת הרווארד) והעיתונאית והמגישה
שרהלה בן אשר (גלגלצ). התפרסותם של בני המשפחה בתחומים ציבוריים שונים גרמו לכך שהיא מוצגת לעיתים כ"שושלת האצולה של הציונות הדתית".[61]